当前，生物除臭技术面临菌种筛选不成熟、特殊污染物去除效果不理想等问题；初期设备投资及后期运维成本较高，尤其是对环境条件敏感的菌种培养；环境监测手段和排放标准尚不完善，缺乏针对性评估方法。未来，行业需加大科研投入，开发高效微生物菌群，优化生物反应器设计；加强产业链协同，形成菌种供应、设备制造、工程设计施工的完整体系；拓展非传统应用领域（如市政工程、园林景观），推动技术普及。